Mạc phủ Kamakura

Chiến tranh Genpei kết thúc, khi phái Taira bị phái Minamoto tiêu diệt. Minamoto no Yoritomo giành quyền lực trong triều chính về tay mình và thiết lập thể chế phong kiến, đóng hành dinh Mạc phủ tại Kamakura.

Các tướng quân là người cai quản chính trị trong khi Thiên hoàng và các quý tộc tại kinh đô Kyoto chỉ là danh nghĩa. Thiên hoàng phải ban Yoritomo danh hiệu Đại tướng quân (大将軍; Daishōgun). Yoritomo từ đó mở hệ thống cai trị gọi là Mạc phủ Kamakura kéo dài 150 năm, từ 1192 đến 1333.

Sau khi Minamoto no Yoritomo qua đời, chế độ Mạc phủ bị Gia tộc Hojo (北条氏; Bắc Điều thị) điều khiển, họ lấy danh nghĩa Chấp quyền (Shikken; 執権), được phương Tây gọi là Regent of the Shogunate, để nhiếp chính thay các Tướng quân kế tiếp còn non trẻ của Mạc phủ Kamakura từ năm 1199 đến tận năm 1333. Người Nhật gọi thời kì này là Chấp quyền chính trị (執権政治).

Cuộc tấn công của Mông Cổ vào năm 1274 và năm 1281 đã tạo điều kiện cho Thiên hoàng Hậu Đề Hồ tạo nên Kiến Vũ tân chính, hòng khiến quyền lực của Thiên hoàng quay lại nắm thực quyền nhưng bị thất bại. Dẫu vậy, cuộc Tân chính đã khiến chế độ Mạc phủ Kamkura bị lung lay, dẫn đến việc sụp đổ của nó vào năm 1333, và chế độ Chấp quyền của dòng họ Hojo cũng theo đó bị hủy diệt.

Sau khi Mạc phủ Kamakura sụp đổ năm 1333, Thân vương Moriyoshi, con trai Thiên hoàng Hậu Đề Hồ, được ban chức Đại tướng Quân cai quản quân đội nhưng không bao lâu bị Ashikaga Tadayoshi bắt giam và giết năm 1335.

Thời kỳ Muromachi

Ashikaga Takauji, một quân phiệt thuộc thuộc dòng dõi Gia tộc Minamoto, cũng như Minamoto no Yoritomo, đã lên lãnh chức Tướng quân và lập Mạc phủ Ashikaga. Mạc phủ Ashikaga đóng tại Muromachi trong kinh đô Kyoto, và chế độ này kéo dài từ năm 1338 đến năm 1573. Thời kì này được biết đến trong lịch sử gọi là Thời Muromachi.

Một phần vì Ashikaga Takauji thành lập Mạc phủ của mình bằng cách ủng hộ Thiên hoàng chống lại Mạc phủ Kamakura trước đó, nên Mạc phủ Ashikaga chia sẻ nhiều quyền lực với Hoàng gia hơn Mạc phủ Kamakura. Do đó, Mạc phủ này ít sự độc tài hơn hẳn nếu so với Mạc phủ Kamakura hay Mạc phủ Tokugawa về sau. Hệ thống kiểm soát tập trung các chư hầu được sử dụng dưới thời Kamakura được thay thế bằng một hệ thống daimyo phân tán hơn, quyền lực quân sự của nhà Ashikaga dựa chủ yếu vào sự trung thành của các daimyo.

Trong thời gian 1568 - 1598, các tay quân phiệt thay phiên chuyên quyền trong triều đình nhưng không được ban danh hiệu tướng quân.

Thời kỳ Edo

Tokugawa Ieyasu giành quyền trong triều chính, thiết lập Mạc phủ tại Edo (Giang Hộ; nay là Tokyo) năm 1600. Năm 1603, Thiên hoàng lại phải ban tước Đại tướng quân cho Ieyasu, sau khi ông ta giả mạo xuất thân là một nhánh từ gia tộc Minamoto. Mạc phủ Tokugawa kéo dài 268 năm, cho đến năm 1868.

Trong thời đại Tokugawa, vị trí của Thiên hoàng vẫn duy trì ở mức lễ nghi, trong khi dòng họ Tokugawa tại Edo nắm mọi thực quyền. Sau khi Tokugawa Iemitsu ban lệnh Tỏa Quốc (鎖国; Sakoku), nước Nhật hoàn toàn tách khỏi bên ngoài từ năm 1639 và hiệu lực đến tận năm 1858 khi phó đề đốc Hải quân Hoa Kỳ Matthew Perry đến Nhật và ép triều đình Nhật phải thông thương trước áp lực quân sự. Thời kì chính sách Tỏa Quốc xảy ra, không ai có thể rời Nhật Bản và người nước ngoài cũng không được phép giao thương với Nhật, trừ người Hà Lan.

Năm 1868, Tokugawa Yoshinobu ký nghị quyết thoái vị, danh hiệu Tướng quân chính thức bị xoá bỏ, Thiên hoàng Minh Trị khôi phục uy quyền.